Auf Bestreben des Bürgermeisters und des Rates der Stadt am Sund wurde im Januar 1488 eine Sankt Marienbruderschaft gegründet, die im gleichen Jahr als Amt bestätigt wurde. Die Urkunde ist noch vorhanden.
Mit der Schiffer – Compagnie hatte der Rat ein Instrument zur Aufsicht über den seeseitigen Handel geschaffen, die Compagnie vertrat dabei auch eigene Interessen, einschließlich der Sorge um die Witwen und Waisen ihrer Vereinigung.
1616 Kauf eines Hauses in der Semlower Strasse, welches zu Beginn des 19.Jahrhunderts aus Kostengründen verkauft wurde.
1624 wird der Bruderschaft eine ,,Confimirte Ordnung“ vom Rat vorgelegt, welche bei den Schifferbrüdern wenig Anklang findet. Erst 1699 überarbeitet der Altermann Titie Wolter diese Ordnung und stellt eine neue Satzung vor, die dann vom Rat der Stadt und den Schifferbrüdern akzeptiert wird und noch heute teilweise Bestand hat.
1635 Erwerb des Hauses nebst Kemladen Frankenstrasse 9, seit 1828 Sitz der Schiffer – Compagnie, bis dahin war es Unterkunft für Schifferwitwen.
Seit dem 19. Jahrhundert wird die Compagnie von 4 Altermänner und 3 Schaffern, welche den Vorstand bilden und alle vier Jahre neu gewählt werden, geführt.
Ehemals bestand die Schiffer – Compagnie nur aus Stralsunder Kapitänen, heute sind die Mitglieder in vielen Bundesländern vertreten.
Die Schiffer – Compagnie hat unter anderem den Zweck, die von den Vorfahren übernommenen Traditionen zu pflegen und die im Jahre 1488 gegründete Vereinigung zukünftigen Generationen zu erhalten, für die Pflege und Erhaltung des denkmalgeschützten Schiffer- Stiftung – Hauses, einschließlich des Witwenhauses, mit seinen historischen Einrichtungen, Sorge zu tragen.
Geblieben ist der alte Brauch, sich Donnerstags zum Seemannssonntag in der Schifferstube zu treffen, eine monatliche Versammlung durchzuführen und im Januar die Generalversammlung abzuhalten.